東京国税局課税第二部の料調三課の調査において調査対象となるのは、公益法人、学校法人、宗教法人、料調一課の担当の法人よりも売上規模の大きな法人等です。
料調三課には、平成3年の国税局の機構改革のときに、直税部資料調査第六課から組織変更されてできたという経緯があります。料調三課は、公益法人、学校法人、宗教法人、大規模源泉徴収義務者、料調一課の担当の法人よりも売上規模の大きな一般事業法人等を調査の対象としています。
主たる調査対象とされてきたのは、公益法人の中でも、民間型公益法人ではなく、もっぱら官庁型公益法人、具体的には旧建設省所管や旧運輸省所管の財団法人等です。学校法人では、理工系、医学系が企業や製薬会社からの試験研究の請負を実施しているのを収益事業として捉えるのが、新たな切り口だといえます。
そして、世間に知れ渡っているわけではない事業体、いわゆる人格なき社団や、任意団体的なもので巨額の資金を動かしているのもかかわらず法人税の納付義務がないために国税の目が届かないような事業体を探し当て、その実態解明を図ろうと源泉所得税・消費税を切り口とした調査に着手し、課税の公平を目標としています。
法の定めに照らし、聖域を設けることなく適正公平な課税を目標とするという事務運営方針が表れています。
特別な動きをする部署といえる料調三課は、一般の同族会社にはあまり関係がないでしょう。
